在选择自动化专业考研院校时,北京航空航天大学（北航）和北京理工大学（北理工）都是国内顶尖的高校，它们在自动化及相关领域都有着深厚的学术积累和研究实力，从整体热度和影响力来看，北航在自动化专业考研方面可能更受欢迎一些。

北航作为国内著名的航空航天类高等学府,其自动化专业在国内外享有很高的声誉，学校拥有一支强大的师资队伍，其中包括多位在自动化领域具有深厚学术造诣的教授和专家，北航还注重实践教学和科研创新，为学生提供了丰富的实验条件和科研项目参与机会，这些都极大地提升了学生的实践能力和创新能力。

北航的自动化专业在学科建设和课程设置上也非常完善,学校不仅开设了基础理论课程，还涵盖了控制理论、信号处理、人工智能等多个方向的专业课程，学校还与多家知名企业和研究机构建立了紧密的合作关系，为学生提供了广阔的实习和就业机会。

相比之下,北京理工大学虽然在自动化领域也有很高的学术水平，但在整体知名度和影响力上可能略逊于北航，这并不意味着北理工的自动化专业不值得报考，北理工在自动化领域的研究和教学同样非常出色，其毕业生在就业市场上也具有很强的竞争力。

选择北航还是北理工进行自动化专业考研,需要根据个人的兴趣、职业规划以及学校的具体情况来综合考虑，如果你对航空航天领域特别感兴趣，或者希望在一个具有更高知名度和影响力的平台上深造，那么北航可能是一个更好的选择，而如果你更倾向于在某个特定方向深入研究，或者希望在一个更加灵活多样的环境中学习，那么北理工也是一个值得考虑的选择，无论如何，只要你能够充分利用学校的资源和机会，努力学习和实践，相信你一定能够在自动化领域取得优异的成绩。